Petite-fille de Guillaume Ier d’Orange dit le Taciturne, fille de Henry de la Tour d’Auvergne, vicomte de Turenne et d’Elisabeth de Nassau, Marie de La Tour d’Auvergne est née à Turenne en 1601. En 1619, elle épouse son cousin, Henri de La Trémoïlle, duc de Thouars et pair de France.

Malgré la conversion de son mari au catholicisme en 1628, elle reste fidèle à la religion réformée et assume le rôle de protectrice des communautés huguenotes de Poitou et de haute Bretagne. Pendant toute sa vie, elle fait preuve d’une force de caractère qui parfois dérange. Figure éminente du protestantisme en plein milieu du XVIIe siècle, elle a souvent été surnommée «la papesse des huguenots».

Dès les années 1625-1628, elle souhaite rénover le château médiéval de Vitré et reconstruire celui de Thouars, travaux qui commencent en 1638 d’après les plans de l’architecte Jacques Lemercier (1585-1654). Lemercier, entreprend à la même époque la construction du château de Richelieu. Il est également reconnu pour ses travaux au Louvre ou pour la chapelle de la Sorbonne à Paris.

Du site du château médiéval, seule la collégiale est conservée. Le reste du site est détruit au fur et à mesure de la construction, les matériaux étant réemployés. Le gros œuvre est achevé en 1645.

Vers 1662, la santé de Marie de La Tour se dégrade, mais elle refuse de se convertir en dépit des pressions de la reine mère. À sa mort le dimanche 24 mai 1665, son corps est porté dans la chapelle ducale de Thouars sans aucune cérémonie. Le château de Thouars, actuel collège public « Marie de la Tour d’Auvergne », témoigne de sa volonté et de son ambition. Le site est d’ailleurs labellisé « Maison des Illustres » depuis 2013 en son honneur.